Nõukogu koosseis 2020-2021 on järgmine:
1. Nõukogu instituudipoolsed liikmed ametikohast tulenevalt:
- Aret Vooremäe - direktor, MSc;
- Katrin Jõgar – õppedirektor, taimekaitse dotsent, PhD;
- Alar Astover – mullateaduse professor, PhD;
- Kadri Karp – aianduse professor, PhD;
- Tiiu Kull – elurikkuse ja loodusturismi professor, PhD;
- Toomas Muru – maastikuarhitektuuri lektor, MSc;
- Marika Mänd – taimetervise professor, PhD;
- Ülo Niinemets – taimekasvatuse ja taimebioloogia professor, PhD;
- Kalle Olli – hüdrobioloogia ja kalanduse professor, PhD;
- Kalev Sepp – keskkonnakaitse ja maastikukorralduse professor, PhD.
2. Üliõpilaskonna esindajad:
- Elo Tõnissoo – bakalaureuseõpe (loodusturism)
- Marite Juurik – magistriõpe (põllumajandussaaduste tootmine ja turustamine)
- Siiri Külm – doktoriõpe (keskkonnateadus ja rakendusbioloogia)
3. Direktori määratud:
- Kaili Viilma – Keskkonnaameti looduskaitse juhtivspetsialist,
- Andre Veskioja– Eesti Taimekasvatuse Instituudi direktor.